《新人口论》受到错误的批判，风暴不断升级。但马寅初坚持自己的观点。1960年1月4日，马寅初向教育部递交报告，请辞北京大学校长职务。马寅初的报告马上得到了批准。3月18日，马寅初毅然搬出北大，回到了在北京的东总部胡同32号的家里。
　　马寅初在北京东总部胡同32号的家里，冷清的小院罩上严霜，腊梅花却破霜而出。
　　老伴给马寅初做可口的浙江家乡菜。背着他对孩子们说：“让他多读书吧，他小时候就是‘只有读书可以忘记赌博’。”
子女们说：“爸爸只能在书中寻找安慰！”
　　莫愁前途无知己，天下谁人不识君。国务院副总理陈云来了到了马家的小院。同马寅初在二楼促膝长谈。论经济，讲人口，议国事。两人时而竞相背出数字，时而相对无言。告别时，一脸严峻的陈云对马家几个子女说：“你们的爸爸不会消沉。不唯上，不唯书，只唯实。这是他的可贵的个性。你们要好好照顾他，这是党和国家交给你们的任务！”
　　国务院副总理陈毅也来看望马寅初，元帅诗人一进门就是诗：“马老啊，‘自古圣贤皆寂寞，唯有饮者留其名’。你这好了，由‘饮酒者’变成了‘隐居者’。你是海量，不会有情绪吧？哈哈！”
　　陈毅率直的性格和马寅初十分相似。两人意气相投，关系密切。二人上楼后，时听笑声琅，时闻叫骂声。陈毅离去时，对马家的几个孩子说：“你们的父亲还是姓马克思的马，很好很好。我曾经作过一首诗，诗曰‘大雪压青松，青松挺且直，要知松高洁，待到雪化时’！孩子们，冬天过去是春天，历史定会给他作出公正的评价！” 
　  马寅初还是马寅初。
　　在全国政协委员会议上，针对“右派分子”已经名列“地（主）、富（农）、反（革命）、坏（分子）”之列，他说：“右派太划多了。有些知识分子给党提意见是善意的，只‘鸣’了几句个人观点，怎么就是右派呢？同时，有的人很有学问，一棍子将其打死，对我们国家是个损失！”
　　讲到这里，马寅初提高了声音：“重要的是，有些无辜者也被打成了右派。湖北的学生对我讲，有个学校的炊事员刚脱盲，用方言写了反映实际情况的顺口溜，给党提意见。说的是‘工业化，母业化，卖了谷子吃高巴（玉米），卖了棉花打条挂（光屁股）’。当时他不会写‘挂’字，就用汉语拼音代替——‘GUA’。然而，就是这段顺口溜，让他得了一顶右派帽子！”
　　有人窃笑，有人翻白眼，马寅初不看任何人的脸色，接着说：“陕西的学生向我反映，他们那里有所中学的老师什么话也没有讲，什么文章也没有写，却被打成了右派！为什么？是上级摊派了指标，校长回去后召开会议抓的阄！”
　　会议主持者冷冷地问：“就是算有这事，你说怎么办？”
　　“迅速给这些人平反，还要道歉！”马寅初脱口而出。
　　“你这是为坏人翻案！”会议主持者一下“革命”定义，马寅初便成了众矢之的。
　　时事政治学习会，自然是千人一腔的“大好形势”颂扬会。马寅初却列举“大跃进”时期的例子唱“反调”。如中央发文件要求实事求是，却对“亩产万斤粮”、农民砸锅炼成“优质钢”的劳民伤财的假话毫不怀疑。他一针见血地指出：“现在往往说的是唯物主义，做的却是唯心主义。如果违反客观经济规律办事，将来还要犯更大的错误！”
　　“马寅初攻击大跃进！”
　　“马寅初污蔑三面红旗！”
　　小组会又开成了对他口诛笔伐的批斗会。
　　马寅初反击道：“北京大学有一位辜鸿铭先生，民国后头上还拖着一根辫子。遭到许多人的不解和嘲笑时，辜先生说，‘你们不要笑我这小小尾巴，我剪下它极其容易；至于你们精神上那根辫子，想去掉可不容易。’你们批判我，我说你们就如辜先生说的一样，‘精神上那根辫子’根深蒂固！”
　　马寅初参加北京政协会议十多次，每次都要讲真话，几乎每次都被“革命者”揪住“小辫子”斗争一番。好心人劝他开会时少说两句，或者干脆不讲。他说：“只要通知我开会，我就会讲实话，既然不能够实事求是地说真话，除非不要我开会！”
　　为了少些自找的麻烦，免得有人说政协的学习经常出问题，甚至说主持学习的人缺乏领导能力，政协组织干脆少通知或不通知马寅初开会了。 
　  不开会，不上班，事情还是要管的。
　　1961年4月，四川大学政治经济专业的学生李盛照写信给马寅初，向他反映成渝沿线的灾荒情况。马寅初看后认为有道理。9月，他亲笔给李盛照写回信，赞扬他说真话的勇气。并表示：“我以为这些事实报告，理应送给党内高级领导决定。”他给李盛照写信的时候，早就向中央寄去了自己的书面反映及建议，然而他的材料石沉大海。
　　马寅初的一举一动，其实有人在监视。康生、陈伯达之流建议浙江省罢免他的全国人大代表资格、政协全国委员会取消他的全国政协常委的待遇。国务院以“理论批判从严，生活给予出路”为由，出面进行保护。马寅初得以继续凭第二届全国人民代表大会常务委员的资格，到基层去视察。
　　11月，浙江嵊县城东区农技站名叫杨木水的蚕桑干部给马寅初写来一封信。信中说大跃进过后，农村的共产风、浮夸风、命令风、干部特殊风和对生产瞎指挥风日益厉害。这“五风”使农村有的地方今不如昔！杨木水认为，只有推行包产到户，农民才可以摆脱贫穷。为此，他写了一篇《恢复农村经济的顶好办法是包产到户》的文章，给毛主席寄去了，可是一直没有回信。所以给马寅初写信，是想请马老看看他写给毛主席的信（另抄一份一同寄来），能不能再转给毛主席，以此救援浙江老家的乡亲。
　　马寅初仔细地读了杨木水寄来的材料，认为文章所反映的问题值得注意。不足的是有些数字不准确，情况反映也不全面。马寅初亲笔给杨木水回了信。表示将回浙江同他见面，亲眼看看有关情况。
　　向杨木水写过信后，马寅初又慎重地向嵊县的党政负责人去了信，表示自己将作为人大代表，于1962年1月份去嵊县视察。马寅初于1962年1月到达嵊县。可是，县委主要负责人据说开“紧急会议”去了，只由县委办公室人员向他对着材料汇报“大好形势”。马寅初也不说什么，只要求和杨木水见面。见对方犹豫，马寅初说，如果杨木水也开“紧急会议”去了，自己就一个人到嵊县浦口镇去找熟人带路调查！
　　马寅初终于同杨木水见面了。然而，杨木水却说自己的材料是假的。马寅初见状，便将杨木水带到自己住的房间单独谈话。杨木水还是守口如瓶。
　　马寅初也不责怪他，不管天正下雨，带杨木水坐上小车，要同他一道下乡去看。这时，一位副县长要去带路。到了一个三岔口，马寅初远远望见许多农民在地里干活，就要车往那条小路开，副县长阻止也不行。小车在土路上开着开着，快要接近那些农民的时候，陷到泥里了。
　　雨在下，小车在吼，杨木水等人在车下推，仍然不能把车推上来。那些农民却一个个避远了。看到马寅初也要下车，杨木水终于忍不住喊了起来：“你们往哪里躲，小车里坐的是马老马寅初啊！”
　　杨木水的话，比什么都灵。只见人们从四面八方围了过来，来阻止马寅初下车，来问候马老。一会儿，他们累得一身是泥，硬是把小车抬出了泥团。那位副县长不知什么时候走了，农民乡亲在雨中向马寅初倾诉衷肠。
　　通过在实地考察，马寅初认为：包产到户是适应农村形势的一种生产管理方式，可以提高生产力，可以调动农民的生产积极性，不仅能够增加社会财富，而且能富足集体经济……一言以蔽之，包产到户好！
　　马寅初又走访了一些地方。他为包产到户去询问农民的想法，到田间查看春耕情况；他为“五风”问题去倾听群众意见，去查看干群关系。令他最痛心的是，当他看到每家的孩子像楼梯坎一样并排站着叫他马爷爷的时候，就像有人在揪他的心！
　　他还想到江苏等到地走走，也许是由于太激动和过于劳累，马寅初突发高烧，持续不退。嵊县方面只得将他送往浙江省医院治疗。
　　通过一个月的治疗，马寅初病情有所好转，就返回北京疗养。上交的报告杳无音信。不过人大方面倒是有了反应：寄来了一纸便笺，上面说：三届人大会议不日召开，马寅初作为二届全国人大代表，希望他听党的话，绷紧阶级斗争的弦，以阶级斗争为纲，不要背离人大代表的神圣职责！不要因犯下政治错误而落选第三届人大代表。云云。 
　  子女们说：“这是对您的劝告或警告！”
　　马寅初一笑：“这是提醒我不要背离人大代表的神圣职责！”
　　马寅初坚持要以人大代表的名义下基层考察。子女们以他的身体不如以往为由，竭力阻止他远行。无奈之下，他就在近郊行走。
　　在北京顺义县，有一个场面令马寅初哭笑不得：一个年轻的爸爸带着五个孩子来到河边，命令孩子们光屁股并排站着。那个爸爸拿着一个浇水的长柄木瓢，远远地向五个孩子身上戽水——孩子多了顾不来，他就用这种办法给孩子们洗澡！
　　顺义县是块宝地，距市区仅30公里。总面积1016平方公里，耕地86万亩，其中粮田60多万亩，粮食产量占北京市粮食总产量的百分之二十，素有“京郊粮仓”之美誉。但对比马寅初早年在德国看到的农业都不如。一是育种方法传统化，更没有什么新品种；二是干起活来一窝风，搞形式主义；三是管理也不科学。
　　窥一斑知其全豹。马寅初继续调查研究，继续上书。
　　全国人大代表就要换届了，全国人大常委会、人大代表浙江组几次三番“请”马寅初到浙江组去就《新人口论》作检查（讨）。并放出音来：如果检查过关，还可连选全国人大代表，否则，不仅选不上，恐怕政治生命也得结束。
　　这次劝告马寅初的人更多了，不仅邵力子、黄炎培等老友出了面，就连马本寅、马本初兄弟俩也加入了劝告的队伍。
　　马本寅说：“1952年思想改造时，您的学生周炳琳思想不能够‘转变’，您劝他改造思想。为这事，毛主席亲自批语，说‘北京大学最近对周炳琳的作法很好，望推广至各校。这是有关争取许多反动的或中间派的教授们的必要的作法。’您就不能向自己学习，向您的学生学习？”
　　“是啊，我记得人民日报好像是5月19日登过这篇文章。说您多次到周炳琳家中劝他改造思想，并在室内一个台阶上作出跳下的动作。”马本初在一边补充，一边从门槛上站着往下一跳，“下决心改造，就如这一跳，就改造过来了！”他学起父亲的腔调，引得家里人笑了起来。
　　“胡说！你们都是在胡说！”从来不对子女发脾气的马寅初怒吼了，“人口问题能够‘跳’吗？‘跳’得过去吗？我这一跳，就要增加几亿人口啊！”
　　老伴王仲贞在一旁说：“孩子们是好意，你不要向他们发脾气。你跳也好，不跳也好，增加几亿人口你已经管不了了！”
　　“士可杀而不可侮，明知寡不敌众，我也要直至战死为止！决不向专以力压服不以理说服的那种批判者们投降！”
　　细心的马仰惠制止了家中的喧哗。将爸爸劝进寝室。走出爸爸的房间，她含着眼泪，哽咽地对妈妈、对弟弟们说：“还有谁的劝能够比周总理的重要吗？”
　　马寅初被免去全国人大常委的职务，全国人大代表也“落选”了。得到消息，马寅初眼睛没离书本，什么也没说。当晚，他在日记中写道：“大江东流去，永远不回头！往事如烟云，奋力写新书。”
　　什么“新书”？《农书》。早在50年代初，马寅初就为自己定下两个研究课题：一是关于人口问题，二是中国农业经济研究，写作一部《农书》。他要在这两个方面回报祖国。
　　多年以来，马寅初便是有心人，对有关“涉农”的重要书籍早已了然于胸。如南北朝时代后魏贾思勰编撰的《齐民要术》，马寅初在读书笔记中就作了详细摘录。并且指出了书中的不足：“贾思勰建立了较为完整的农业科学体系，但是，此文可谓纯技术性的农书，缺乏农业的施政措施。而明代徐光启的《农政全书》弥补了这一不足。不过又略显散淡。只有把两文结合起来，并博采众长，才算一部较全的‘农书’。”
　　由此，他又对《农政全书》的12目也作了全面的记载：农本3卷；田制2卷；农事6卷；水利9卷；农器4卷；树艺6卷；蚕桑4卷；蚕桑广类2卷；种植4卷；牧养1卷；制造1卷；荒政18卷……
　　对于意义重大的内容，他还写有自己的体会：“《农政全书》关于‘架田’的记载，值得高度重视。‘架田’又叫做‘葑田’。文中称它：‘以木缚为田丘，浮系水面，以葑泥附木架上而种艺之。其木架田丘，随水高下浮泛，自不淹浸’。可以说，这就是‘水上园田’。我国人口日益膨胀，为缓解农田少的矛盾，这种利用空间的种植方法当可借鉴。即水里养鱼，水上种农作物。由此可设想：水稻田可以养鱼，渔池边可以圈养牲畜，牲畜粪可以喂鱼……这样既是生物链，又是产业链；既保护了环境，又能使农民增加收入……”
　　与其说这是“体会”，不如说这就是《农书》的雏形！
　　正当马寅初整理资料，写作《农书》的时候，又传来了消息：马寅初不能再任职，不能公开发表文章，也不能再回北大上课。这就是说，马寅初从此要在政治舞台和学术论坛上消失！马寅初就是写了新著作，也不能够发表了！
　　老伴王仲贞忿忿不平：“怎么能够这样对待呢？在解放前，国民党政府就搞了个什么‘三不准’，这不是同——”
　　“不要讲了！”沉默的马寅初突然出言制止。他说，“就是对我‘十不准’，我也要把《农书》写成！”说完，他进入书房。一会儿，他手拿两张纸，到客厅对马仰惠说：“这是我需要的参考资料，你们给我交给王克宥，要他想办法照着给我办来！”
　　王克宥曾经任过马寅初的秘书，后来到校长办公室工作。1955年肃反运动中，他因解放前任过伪县长等职务，按政治条件不能留在校长办公室。马寅初觉得王克宥拥护中国共产党，而且具有相当的文化知识，便与有关同志商量，给了他出路——到北大政治经济学教研室资料室担任主任。
　　王克宥不负老校长之托，不仅从北京大学、北京图书馆借来他所需要的书籍，而且还找来了国内外有关农业发展的新资料。
　　马寅初每天在各时期的无数典籍中吸收营养；
　　马寅初每天在下基层考察的资料中提取精华；
　　马寅初每天在国内外农业新资料中捕捉亮点； 
　　认真地翻阅，仔细地琢磨，悉心地总结。每有心得，他便拿起手边的毛笔，仔细地记录，认真地撰写。浩大的《农书》工程在马寅初的书房建筑。立意造福于民，不亚于《齐民要术》、《农政全书》的《农书》巨著，在八旬老人手中打造。（摘自《民族瑰宝马寅初》，湖北人民出版社2006年3月出版，定价：27.00元）（来源：书摘）